Hos små barn kan behandlingen vid en hormonell avvikelse bestå av injektioner av testosteron, vars dosering och regelbundenhet bestäms av endokrinologen. Denna välföljda behandling ökar storleken på penis. När mikropenis orsakas av vävnader i penis som är okänsliga för testosteron, har denna hormonbehandling ingen effekt.

Ju tidigare mikropenis upptäcks, desto snabbare sätts behandlingen in, desto effektivare blir den. Behandling kan också vara nödvändig kring puberteten. Efter puberteten är hormonbehandling inte längre effektiv eftersom vävnaderna inte längre reagerar på samma sätt.

Kirurgisk behandling av mikropenis     

I vuxen ålder, när mikropenis inte har behandlats eller när behandlingen inte har varit tillräckligt effektiv, kirurgi är möjligt. Det ger dock inte alltid övertygande resultat.

Sektionen av ligamentet uppskjutande av penis, som går från penis till pubis, kan erbjudas. Det modifierar inte penis på något sätt utan lösgör den delvis från pubis, vilket gör att den ser längre ut. Den observerade ökningen är 1 till 2 cm i slappt tillstånd och 1,7 cm i erektion. Denna förlängning förvärvas till priset av en instabil erigerad penis, eftersom den är mindre väl fäst vid pubis, vilket kan göra penetrationen mindre lätt.

DENautolog fettinjektion involverar att injicera försökspersonens fett under huden på hans penis. Detta förlänger inte penis på något sätt, utan gör den visuellt tjockare. Endast en del av fettet som sätts på plats absorberas inte av kroppen över tiden (10 till 50 % beroende på ämnet). Resorptionen kan vara ojämn och leda till att penisen ser ut som "roskrans".

Mikropenis kan ha betydande psykologiska återverkningar, speciellt under tonåren, det är viktigt att personen hjälps åt och hans tvivel beaktas.